Unmittelbar nach dem Reichstagsbrand erließ Reichspräsident Hindenburg am 28. Februar 1933 die Verordnung „zum Schutz von Volk und Staat“ zur „Abwehr kommunistischer staatsgefährdender Gewaltakte“. Diese Notverordnung ermöglichte es u. a., politische Gegner ohne Angabe von Gründen und unter Ausschaltung der Justiz in Schutzhaft zu nehmen. Bis zum Juni 1933 wurden zwischen 20.000 und 25.000 Personen, überwiegend Kommunisten, Sozialdemokraten und Gewerkschafter, in bald überfüllte Gefängnisse und andere provisorische Haftstätten gesperrt.

Bereits im April erteilte das Preußische Innenministerium dem Regierungspräsidenten in Osnabrück den Auftrag, im Emsland für die Unterbringung von 3.000 bis 5.000 Gefangenen mehrere Lager einzurichten. Im Sommer schließlich wurden die Konzentrationslager Börgermoor, Esterwegen und Neusustrum als „Staatliches Konzentrationslager Papenburg“ fertig gestellt und mit 4.000 Häftlingen belegt, neben politischen Gegnern bald auch u. a. Zeugen Jehovas und sog. ‚Sicherungsverwahrte‘. Die Gefangenen, die sich selbst ‚Moorsoldaten‘ nannten, wurden bei der Kultivierung der emsländischen Moore zur Zwangsarbeit herangezogen.

Mit der Neuorganisation des KZ-Systems unter Aufsicht der SS im Sommer 1934 wurden die Lager Neusustrum und Börgermoor als KZ aufgelöst und von der preußischen Justiz als Strafgefangenenlager übernommen. Esterwegen blieb bis zu seiner „Verlegung“ nach Sachsenhausen im August/September 1936 als Konzentrationslager bestehen und wurde ab Januar 1937 als Lager VII ebenfalls Strafgefangenenlager. Daneben bestanden die Lager I Börgermoor, II Aschendorfermoor, III Brual-Rhede, IV Walchum, V Neusustrum und VI Oberlangen mit Platz für zunächst 5.500 Gefangene, bevor 1938 im mittleren und südlichen Emsland acht weitere Strafgefangenenlager errichtet wurden: Lager VIII Wesuwe, IX Versen, X Fullen, XI Gross-Hesepe, XII Dalum, XIII Wietmarschen, XIV Bathorn und XV Alexisdorf.

In den Strafgefangenenlagern wurden bis Kriegsende bis zu 70.000 Menschen inhaftiert, darunter u. a. Kriminelle (nach heutigen Rechtsverständnis), Homosexuelle, politische Gegner, sog. ‚Asoziale‘ und, ab Kriegsbeginn, zunehmend wehrmachtgerichtlich verurteilte Soldaten. In einem Teil des Lagers Esterwegen und in Börgermoor wurden 1943/44 außerdem westeuropäische Widerstandskämpfer, sog. "Nacht und Nebel - Gefangene", inhaftiert.

Bereits im September 1939 übernahm das Oberkommando der Wehrmacht die Lager VI und VIII bis XI und nutzte sie als Kriegsgefangenenlager für bis Kriegsende weit über 100.000 Soldaten aus der Sowjetunion, Frankreich, Belgien, Polen und Italien. 1944/45 dienten die Lager Dalum und Versen der SS kurzzeitig Außenlager des KZ Neuengamme.

Im April 1945 wurden die Häftlinge der Emslandlager von britischen, kanadischen und polnischen Truppen befreit.